La vita non è un bricolage

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Francois Jacob e Jacques Monod

L’evoluzione si comporta come un bricoleur” affermava il Nobel Francois Jacob commemorato da Telmo Pievani.

 

Ma si tratta di un’affermazione poco scientifica e datata che anziché ricordare sarebbe meglio dimenticare.

 

Lo scienziato Francois Jacob, scomparso il 19 aprile scorso, aveva vinto il Nobel per la medicina nel 1965 insieme ad Andrè Lwoff e Jacques Monod, è stato ricordato in un articolo pubblicato su Le Scienze di Giugno.

 “Lo scienziato del bricolage evolutivo” è il titolo dell’articolo di Telmo Pievani che ripercorre il pensiero di Jacob e che esordisce proprio con una frase del biologo scomparso:

“L’evoluzione si comporta come un bricoleur che nel corso di milioni e milioni di anni rimaneggia lentamente la sua opera, ritoccandola continuamente, tagliando da una parte, ritoccando dall’altra, cogliendo tutte le occasioni per modificare le vecchie strutture in vista delle nuove funzioni

Il bricoleur, continua l’articolo riportando un altro passo di Jacob:

“…dà ai suoi materiali funzioni non previste per la produzione di un nuovo oggetto. Da una vecchia ruota di bicicletta costruisce una carrucola, da una seggiola rotta ottiene una scatola per la radio. Allo stesso modo l’evoluzione costruisce un’ala da una zampa, o un pezzo di orecchio con un frammento di mascella”

 

Chissà se Jacob si rendeva conto che i paragoni che faceva non erano affatto adatti a rappresentare la Sintesi Moderna, lui stesso si lascia scappare un “per modificare le vecchie strutture in vista delle nuove funzioni“, frase che implica un finalismo nell’evoluzione darwiniana, un errore comprensibile per un profano imperdonabile per un Nobel. E poi Jacob non si accorge che nell’esempio della ruota che diventa una carrucola o della seggiola che diventa una scatola per la radio non vi è posto per l’evoluzione graduale della Sintesi Moderna, non esiste una ruota di bicicletta-quasi carrucola che serva a qualcosa, non ci cammina la bicicletta e non ci si fanno salire i sacchi di cemento, semplicemente non serve a niente.

E così non esiste una sedia-quasi scatola per la radio, come sedia sarebbe così insoddisfacente che la selezione l’avrebbe eliminata, e come scatola per la radio avrebbe invece bisogno di così tante modifiche (fori per l’altoparlante e per le manopole, fissaggi per la parte elettronica, canaline per i fili, foro per l’antenna, manopola per la selezione dei canali…) che il bricoleur è in realtà un falegname esperto.

E come “campione” di “bricolage evolutivo” Jacob porta nientemeno che il cervello umano:

“Formazione di una neocorteccia dominante, conservazione di una antico sistema nervoso e ormonale, in parte rimasto autonomo, in parte posto sotto la tutela della neocorteccia: questo processo evolutivo somiglia molto al bricolage”

Una descrizione quella di Jacob che di scientifico non ha niente, che è solo l’espressione di un punto di vista personale e ideologizzato, una rappresentazione che è l’equivalente dell’affermare che un computer possa essere considerato il prodotto di un bricolage perché il microchip è alimentato da un trasformatore che era disponibile già dagli anni ’20 e che per i suoi impulsi usa la corrente elettrica che era stata impiegata già nell’800 per inviare segnali con il telegrafo.

La visione del cervello umano come prodotto di “bricolage” viene poi ripresa e accentuata nell’articolo con considerazioni ancor più forti:

Il cervello umano è un accrocco dovuto all’integrazione di nuove strutture su vecchie, con la “neocorteccia che ha assunto rapidamente, forse troppo rapidamente, il ruolo principale”.

E così, dopo aver seentito dire che la cellula che è unaroba molle, fatta di cose spesso che non servono, messe lì che uno si porta dietro dall’evoluzione e dopo aver appreso che il Big Bang è “la più grande scorreggia dell’universo“, adesso abbiamo che “il cervello umano è un accrocco“…

 Questa è la visione riduzionista. Forse sarebbe stato meglio commemorare Jacob per le sue scoperte riguardanti il controllo genetico della sintesi di virus ed enzimi e dimenticare pietosamente la sua teoria del bricoleur.

Prendendo a prestito una frase del prof. Giorgio Masiero, la teoria del bricoleur cosmico potrebbe valere a Jacob non un posto nella storia della scienza ma “un posticino nella storia del teatro comico”.

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Laureato in Biologia e in Farmacia, docente di scienze naturali Nel 2011 ha pubblicato "Inchiesta sul darwinismo", nel 2016 "L'ultimo uomo" e nel 2020 "Il Quarto Dominio".

72 commenti

  1. Giorgio Masiero on

    Colpo di fortuna alla roulette cosmica o esito di un continuo aggiustamento da bricolage chimico? Monod contro Jacob!
    2 interpretazioni opposte, eppure appartenenti alla stessa teoria, il darwinismo. Ciò non dimostra che una delle due sia vera, ma solo che il darwinismo è auto-contraddittorio.
    Quanto alle due congetture “Montecarlo-Monod/Ikea-Jacob”, esse sono entrambe false perché collidono con il numero massimo di reazioni chimiche che possono essere avvenute nell’Universo (10^143), che è un numero infinitesimo per la produzione di una sola proteina…
    … a meno di non sottintendere il finalismo, ma allora siamo fuori dalla scienza sperimentale ed entriamo nella teologia.
    Ma che cos’è, santo Dio, questa ossessione degli atei di far rientrare da ogni finestra il Disegno che dichiarano di voler espellere dalla porta?!

    • “Ma che cos’è, santo Dio, questa ossessione degli atei di far rientrare da ogni finestra il Disegno che dichiarano di voler espellere dalla porta?!”

      Avanzo un’ipotesi: reminiscenze scolastiche inconsce legate ad un complesso di inferiorità:
      al Disegno Intelligente, che fa pensare a uno studente molto dotato che risolve problemi in poco tempo, preferiscono il Caso, che ricorda uno studente poco brillante ma che con tanta volontà e col tempo opportuno ottiene qualcosa.

      • L’evoluzione lavora come un bricoleur, inutile negare l’evidenza. In milioni di anni di storia dei mammiferi, sono state usate sempre le stesse ossa, con poche eccezioni. Il codice genetico é identico per ogni creatura e non che sia il migliore possibile. Sono solo 2 tra tantissimi esempi possibili. Questo fatto prescinde dalla spiegazione dei processi evolutivi, se per dire l’evoluzione fosse opera divina, si tratta comunque di un’opera di bricolage. Nell’evoluzione tecnologica non troviamo gli stessi pezzi riutilizzati, spesso le buone marche si prendono la briga di riprogettare tutto da capo: i circuiti degli Iphone sono stati strutturati in modo completamente nuovo, per esempio.

        • Scusi Riccardo, a parte altre considerazioni, per quale motivo il codice genetico non sarebbe il migliore possibile?

          Lei come l’avrebbe fatto?

          • Fra l’altro si può osservare una vasta gamma di codici genetici su cui stilare una graduatoria non si sa poi bene in base a quali criteri.
            Quanto al discorso sulla trecnologia,non spendo parola,ma colgo l’occasione per riportare un articolo di Tavola Alta:
            http://www.enzopennetta.it/2013/04/il-programma-sublime/
            L’hardware a base di carbonio è in effetti nettamente superiore ai vari hi-tech

          • Massimo (neodarwinista) on

            Al posto di triplette di 4 elementi e un sacco di triplette sinonime, ad esempio doppiette di 5 elementi e solo 4 sinonimi.

          • Ho consentito a Massimo questo intervento perché non pensi che si vogliano evitare le sue domande.

            Il problema è che ho già detto quanto siano poco graditi gli annunci di abbandono seguiti da una serie di rientri.

            Anche nel caso di Riccardo abbiamo visto un episodio di “uscita” annunciata e secondo le regole non dovrebbe più intervenire.

          • Tra l’altro non capisco che senso ha il dire che non si vuole più intervenire!
            Basta non postare più…
            Se poi tornerà la voglia di farlo, semplicemente si scriverà un post.

            OT x Enzo:
            Non ricevo più i feed RSS sul programma di email. E’ un problema solo mio o avete fatto modifiche al blog?

          • Infatti, neanche io capisco il senso degli annunci.

            Per l’RSS non credo che ci siano stati cambiamenti, o almeno io non ne sono al corrente.

          • E’ evidente che chi lo fa Frank o ha ‘problemi’ che richiedono un terapista oppure credono di lanciare un certo messaggio con un qualche effetto oppure si tratta semplicemente di una forma dell’esibizionismo 2.0 e fenomeni ad esso associati che spopola sfacciatamente in questi ultimi anni sul web più che altrove.
            Ad ogni modo poco importa il perché.Se uno manifesta la sua volontà di ritirarsi dalla discussione se non è in grado di adempiere da solo alla sua parola, Enzo gentilmente ,con un gran gesto caritatevole,gli da una mano.
            E la cosa è stata espressa più che chiaramente:
            http://www.enzopennetta.it/2013/06/rivedere-la-classificazione-di-homo-sapiens-ian-tattaersall-siamo-diversi-da-tutti-gli-altri-esseri-viventi/#comment-15594

            E Enzo è stato fin troppo gentile o cattivo a ripermettere eccezionalmente a massimo quel commento,dico cattivo perché era meglio per lui se questo commento
            http://www.enzopennetta.it/2013/06/la-vita-non-e-un-bricolage/#comment-15870
            non fosse stato postato.

            Fra l’altro si nota sempre quel ‘problema’ di voler baldanzosamente buttare cose a getto un po’ acriticamente spesso e volentieri,come già accaduto,incorrendo in errori anche grossolani.

            Il concetto l’ha espresso sinteticamente in modo molto chiaro il prof.Masiero,ne abbiamo conferme di continuo
            http://www.enzopennetta.it/2013/06/la-vita-non-e-un-bricolage/#comment-15878

            Questo per parlare solo dei commentatori riconoscibili come tali,di troller e compagnia bella neanche a parlarne..

          • Massimo (neodarwinista) on

            No ma io non ho mai detto di voler abbandonare CS, soltanto di voler interrompere quella discussione, prendere una pausa: rispondere qui è quasi un lavoro a tempo pieno. Leonetto dovrebbe ricevere una retribuzione 😉

          • Massimo (neodarwinista) on

            Era solo per non far passare che non si sapesse cosa rispondere.. Ma capisco che possa non essere gradito quindi non capiterà più, mi ritirerò in silenzio per poi riprendere in un secondo momento.

          • Massimo:
            “[…]però come espresso più di una volta vorrei smettere, in quanto i miei impegni sono ben altri e li sto iniziando a trascurare.
            Dopo quest’ultimo messaggio, parola d’onore che mi tolgo dai piedi.”

            Frasi di questo tipo non le ho scritte certo io,e fra l’altro non è che tutti non c’han niente da fare e se spendon tempo a rispondere a chi porge domande qui e a fare un opera di debunking e di informazione e critica è cercando ritagli di tempo o momenti liberi sottraendo tempo ad altro perché ritengono che non sia tempo perso ma di una qualche utilità,il tutto ovviamente gratis.
            E’ chiaro che sebbene a scrivere articoli e a rispondere siano più persone per queste motivazioni a volte potrebbero tardare risposte o non esserci o potrebbero uscire meno articoli o con frequenza minore.A volte per esempio non ho possibilità di trovare ritagli per fare gli approfondimenti sulla trasmissione su radioGlobeOne e li rimando a quando c’è tempo.
            Nessuno obbliga a scrivere,a commentare o a porre considerazioni,se lo si fa sarebbe bene,non mi riferisco espressamente a lei Massimo,evitare certi atteggiamenti e modi come evitare sistematicamente di rispondere a domande,generare loop tornando continuamente sullo stesso punto più volte espresso,linkare pagine,articoli,review,video o altro senza una minima descrizione e senza che sia ovvio l’oggetto del link.Andare sistematicamente e comunque più che a sproposito OT.Non argomentare né controargomentare mai..Di luoghi dove sia possibile un certo modus operandi ce ne sono a bizzeffe del resto.

          • Massimo (neodarwinista) on

            La volontà di un discorso logicamente coerente in cui ad ogni domanda segue la corrispondente risposta, e il dibattito procede linearmente fino ad esaurire tutti gli argomenti di discussione, era anche la mia. Purtroppo, dopo poco tempo, si è dimostrata un’impresa ardua perché gli argomenti si diramano esponenzialmente. La discussione si è rivelata presto più ampia di quanto avessi potuto immaginare all’inizio.

            Frasi del genere da parte mia indicavano la necessità di interrompere una discussione per cause di forza maggiore (interruzione non sempre immediata: soprattutto per la prima discussione ci sono state un sacco di “finte” da parte mia) ma non di abbandonare il sito.

            In ogni caso cercherò di migliorarmi, ad esempio cercando di porre una questione alla volta, e controllando prima che la risposta non fosse già stata chiarita.

        • Massimo (neodarwinista) on

          Ma poi ad esempio i mitocondri dai batteri..
          Comunque sia avvenuta l’evoluzione, sono d’accordo anche io nell’affermare che non si può criticare l’analogia con il bricolage.

          • Giorgio Masiero on

            Massimo, Lei è troppo intelligente per non capire che:
            1) o la metafora del bricolage è una banalità: infatti tutto ciò che esiste a questo mondo è basato su un assemblaggio di atomi e quindi tutto è bricolage;
            2) o la metafora del bricolage è falsa: se vuol far passare l’idea che l’assemblaggio della vita è avvenuto per caso (e scarto per selezione naturale dei composti not fitted), perché in questo caso non c’è stato abbastanza tempo!

          • Massimo (neodarwinista) on

            “tutto ciò che esiste a questo mondo è basato su un assemblaggio di atomi e quindi tutto è bricolage”
            Non è questo che si intende con bricolage, ma il riassemblaggio e il rimaneggiamento degli stessi componenti macroscopici complessi per realizzare funzioni differenti.
            Usare una cellula procariote per dare energia alla cellula eucariote non è forse un esempio di questo?

            A livello di componenti, un topo e una giraffa sono più simili di uno dei primi cellulari rispetto ad uno smartphone.

          • Giorgio Masiero on

            @ Massimo
            Io Le avevo dato 2 interpretazioni di bricolage, una banale ed una falsa con riguardo alla vita. Lei, come metafora dell’evoluzione, ha scelto la 2., la falsa. O trova ora sbagliati i miei calcoli (che, a suo tempo, avevano riscontrato la Sua approvazione?)

          • Massimo (neodarwinista) on

            Almeno per ora, non intendevo riaprire il discorso riguardo i meccanismi evolutivi (caso, selezione ecc..), semplicemente osservare il risultato finale e giudicare. Non è forse in una certa misura comparabile ad un’opera di bricolage?
            Sto solo ricalcando l’osservazione di Riccardo: “Questo fatto prescinde dalla spiegazione dei processi evolutivi, se per dire l’evoluzione fosse opera divina, si tratta comunque di un’opera di bricolage.”

          • Giorgio Masiero on

            @ Massimo
            E se e’ bricolage, chi e’ il bricoleur? Perche’, mi hanno detto, non c’e’ l’uno senza l’altro.

          • Massimo (neodarwinista) on

            La metafora del bricolage finisce proprio lì, infatti vorrei correggere Riccardo. Anziché “si tratta di un’opera di bricolage” avrei scritto “è un’opera che ricorda quella del bricolage”.

          • Giorgio Masiero on

            Noi, Massimo, abbiamo l’ideale di una biologia come la fisica o la chimica o la geologia o… tutte le altre scienze naturali: CHE LA SMETTA CON LE METAFORE, con i raccontini, con le storielle adattate e cambiate tutti i giorni, col dire A e non A allo stesso tempo; una biologia che usi lo strumento principe insegnato da Aristotele per le scienze, cioè la classificazione per analogia, e il linguaggio principe insegnatoci da Galileo, cioè la matematica, piuttosto che l’arte dei poeti e la lingua umana.
            E’ una pretesa assurda la nostra?

          • Massimo (neodarwinista) on

            Il concetto di matematica come fondamento necessario di una scienza si è diffuso più che altro con il positivismo, ma non è sempre accurato, le scienze sono molto variegate e diversificate. Naturalmente la matematica si può usare in qualunque campo, ma non sempre è basilare. Non si parte dalle equazioni per descrivere il comportamento di un bradipo, per esempio.

            Io credo che le storie della biologia evolutiva siano molto importanti e costruttive, sarebbe immensamente limitante fermarsi a ciò che è direttamente verificabile o a ciò che può avere applicazioni tecnologiche.

  2. Tirar fuori dal bricolage un risultato paragonabile ad un progetto ingegneristico è cosa quantomeno ardua..
    E,ad ogni modo,Masiero dice giustamente,benché sembrino in disaccordo, in realtà ,le due ‘ipotesi’ presuppongono una pesante dose di chiamiamola pure ‘fortuna’,di un simbiotico e ben accordato carnet di contingenze,fattori biologici interni ed esterni ed extrabiologici(molti fattori che possono essere esistiti ma poi persi per sempre..)
    Infatti Masiero quelle probabilità impossibili vengono ‘superate’ con il riduzionismo dai neodarwinisti,almeno leggendoli io quello ho compreso. mOvvero se si verificano opportunamente(sempre grazie a determinati fattori di cui sopra)delle reazioni con probabilità non estremamente piccola proprio perché sono reazioni che sotto tali condizioni non consentono troppe uscite e le positive possono essere facilmente conservate ecco fatto che sono soddisfatti..Della serie “Mettiamo un prefisso proto- a tutto e via così”
    Poi se si sfocia nel ridicolo,nella fantascienza o in una non brillante filosofia sembra non importare troppo..almeno così pare..

  3. Giorgio Masiero on

    @ Riccardo
    Abbia pazienza, Riccardo, se la mia intelligenza non coglie l’evidenza di come stanno le cose. M’illumini Lei. Io mi sono limitato a notare 2 cose:
    1. Una teoria, come il darwinismo, che contiene la predizione che la vita è un evento improbabilissimo, del tutto fortuito (come affermano metà dei suoi sostenitori) e contiene la predizione opposta che la vita è un evento inevitabile, necessario (come afferma l’altra metà), è auto-contraddittoria, quindi non scientifica. Lei, Riccardo, per mia curiosità, a quale delle due correnti appartiene?
    2. La congettura del bricolage (intesa come composizione di un manufatto attraverso utilizzo di materiale esistente) implica – come nel bricolage di Ikea cui io confesso di essere negato, non riuscendo ad assemblare nemmeno una scarpiera – l’intelligenza di un bricoleur, cioè il finalismo che è un elemento estraneo alla scienza moderna. “Per caso” infatti, come ho motivato matematicamente, in questo Universo non c’è stato il tempo nemmeno per la composizione di una sola proteina. O Lei dice che i miei calcoli sono errati?

      • Giorgio Masiero on

        Mi sa di sì, Giancarlo.
        Arrivano baldanzosi, con le loro perline di vetro come se avessimo l’anello al naso, e alla prima obiezione logica… bla, bla, bla.

        • Professor Masiero,io magari glisserei sulla cosa dell’anello al naso,che comunque,sebbene non l’ha evidentemente usata con tal accezione, sa un po’ di razzista ,son quei modi di dire un po’ infelici come venir giù dai monti,dalla val Brembana etc…
          Si può dire prende per nati ieri,per sprovveduti si comprende lo stesso..
          Come dice il ‘maestro’ Pozzetto, quando gli viene detto che dire “ci son rimasti di mer-a” e ” ci son rimasti di stucco” sono la stessa cosa,:” Eh si tu prova un po’ a stuccare il muro con la mer-a vedi se è uguale..

          • Ciao Leonetto,
            secondo me l’espressione citata non è razzista, infatti l’ “anello al naso” non è indicativo di una razza ma di una condizione primitiva e ingenua verso i ritrovati moderni.

          • Sì, ma io non ho detto che sia razzista, ma che sa un po’ di razzista..
            Al di la delle origini legate al fatto che si applica a bestie per condurle facilmente e di riflesso rimanda alla schiavitù coloniale (è infatti degenerazione di usanze proprie dell’antica servitù volontaria)
            In India(fra l’altro fortemente introdotto proprio a seguito di invasioni) l’anello al naso rappresenta anche un’espressione della loro religiosità,quella induista,appunto come una sorta di ‘sottomissione’ ad una divinità,ma anche espressione di alcune loro tradizioni.Così come anche parte delle tradizioni degli aborigeni o dei nativi Americani.E quindi in quest’ottica, per me, si comprende bene che forse,dico forse si può dire in altri modi equivalenti..senza perder nulla,anzi..
            Ovvio che non si può caratterizzare con tale espressione una razza umana(al più alcune di bovini)visto che non esistono razze umane.
            Dicevo solo in quest’ottica,mi pareva si comprendesse.

      • Si si me la do a gambe volentieri, sono ripassato di qui un’ultima volta. Passi pure che non saprei cosa rispondere. In realtà le uniche considerazioni interessanti secondo me sono quelle di Leonetto, é lui che porta avanti la barca.

        • Giorgio Masiero on

          @ Riccardo
          Sono contento, Riccardo, che abbia rinunciato al Suo silenzio, anche se avrei preferito che 1) rispondesse alle mie contro-osservazioni alle Sue osservazioni, anziché 2) spostare il discorso su un altro argomento ancora (la possibilità che il DNA emerga spontaneamente per cause puramente naturali: chi l’ha mai messo in discussione?! Crede di essere arrivato in un covo di creazionisti?!) e 3) che usasse Sue parole per spiegare scientificamente le Sue ragioni piuttosto che ricorrere ad un filmato anonimo su internet.
          In attesa della Sua replica alle mie domande, se mai ci sarà, risponderò al filmino, dicendo che non c’è in esso quasi una sola frase che sia corretta o che non sia frutto di fantasia. Le faccio l’esempio della frase fondamentale: “Mentre la vita moderna usa Dna-Rna-proteine (che non è un meccanismo irriducibilmente complesso), la vita primordiale usava solo nucleotidi attivati, e la vita successiva usava nucleotidi e micropeptidi, e la vita successiva è evoluta ecc.”: ebbene questa è una successione di pure immaginazioni, perché NULLA SAPPIAMO DI COME SIA SORTA LA VITA. Nel mio articolo Il programma sublime, faccio anche un’osservazione a proposito di un loop irrisolto, che fa propendere per una complessità irriducibile. Se è interessato le citerò, testualmente e non in forma anonima come nel filmini per bambini, le dichiarazioni in proposito di scienziati e premi Nobel (anche darwinisti) che per tutta la vita si sono occupati di abiogenesi.

        • Riccardo, mi spiace per lei, se voleva smettere d’intervenire avrebbe potuto farlo in modo migliore che non cercando di mettere zizzania tra gli autori del sito.

          Non parlo per me, ma dire che le considerazioni del prof. Masiero non siano interessanti è davvero ridicolo.

    • Massimo (neodarwinista) on

      Torno a dire che la teoria dell’evoluzione, come ogni teoria contemporanea, non è più costituita da un paradigma unico che si sviluppa nel tempo in modo unitario ma da un pluralismo di “correnti” (per così dire) che hanno base comune ma divergono anche molto.

      • Le altre teorie contemporanee a cui si riferisce credo siano tutte teorie scientifiche,quindi è difficile affiancare ad esse il neodarwinismo(meglio di rifersi ad una ‘teoria dell’evoluzione’ che può portare a fare confusione)
        Il pluralismo di correnti importa relativamente poco se il problema riguarda proprio la base comune,questo mi pare sia stato detto e ridetto.

        • Massimo (neodarwinista) on

          E’ stato detto e ridetto che il neodarwinismo è una teoria scientifica (secondo alcuni già superata), ma se credete di avere conoscenze maggiori dei laureati in filosofia della scienza solo per aver letto Popper e Kuhn, fate pure. E a proposito del metodo scientifico io consiglio la lettura di Feyerabend, giusto per farsi un’idea.

          • Enzo Pennetta on

            Massimo, questo è proprio il tipo di “non argomentazione” che non serve a niente:

            “se credete di avere conoscenze maggiori dei laureati in filosofia della scienza solo per aver letto Popper e Kuhn, fate pure. E a proposito del metodo scientifico io consiglio la lettura di Feyerabend, giusto per farsi un’idea”

            Esponga ragionamenti su cui confrontarsi, non sentenze e rimandi senza entrare nel merito.

  4. Giorgio Masiero on

    @ Massimo darwinista
    Bella presunzione, Massimo, la Sua! All’analisi informatica, la tabella delle corrispondenze tra i 4^3 = 64 codoni dell’RNA ed i 20 aminoacidi che concorrono alla sintesi proteica è risultata un sistema di codificazione a ridondanza (apparentemente) pianificata a rallentare l’inquinamento genetico che l’ambiente altrimenti produrrebbe, minimizzando gli errori di traslazione nell’mRNA tra i codoni e l’inserimento degli aminoacidi durante la sintesi proteica.
    V. mio articolo sul Programma sublime.

    • Massimo (neodarwinista) on

      Per rallentare ancora di più gli effetti dell’inquinamento genetico sarebbe migliore un codice che associa 4 lettere ad un amminoacido, molte più quaterne sinonime. O c’è qualcosa che non considero?

      • Non voglio intromettermi nel discorso che ha iniziato il prof.Masiero,anche perchè fa capo ad uno dei suoi articoli di TA,ma:

        “Al posto di triplette di 4 elementi e un sacco di triplette sinonime, ad esempio doppiette di 5 elementi e solo 4 sinonimi.”

        Quando da risposte o fa osservazioni di questo tipo,Massimo, sarebbe utile per chi legge,per chi risponde,per chi controargomenta o per chi integra,per tutti insomma non avere cose buttate la che sembra di dare i numeri al lotto,ma motivare con argomentazioni il perché di ciò che si afferma.
        Non mi pare lei abbia argomentato perché ciò che propone sarebbe un miglior codice genetico,perchè l’avrebbe fatto così etc..

      • non si puo’, massimo, su tale questione parlare liberamente, perche’ e’ un problema di ottimizzazione, e la soluzione la da la matematica. perche’ non ti studi “il programma sublime” del prof, dove e’ tutto spiegato, e dopo se qlc non e’ chiaro fai le domande?

        • Massimo (neodarwinista) on

          Effettivamente mi è stato proposto più volte ma ho sempre rimandato la lettura, il prossimo commento lo farò dopo averlo letto.

        • Massimo (neodarwinista) on

          @Giorgio Masiero
          Ho dato una rapida occhiata a “Il Programma Sublime”, si trattano temi interessanti ma nello specifico non mi sembra che si portino evidenze a favore del fatto che il codice genetico sia il migliore possibile. Contrariamente, potrebbe indicarmele?

          • Giorgio Masiero on

            @ Massimo
            Io non ho mai detto, Massimo, che “il codice genetico è il migliore programma possibile”, anche perché si tratta di una frase priva di senso matematico, buona solo per la prosa darwinista: che cosa significa “il migliore possibile”? sotto quale aspetto si ricerca l’ottimizzazione? in termini di tempo? di energia? di stabilità? o magari di equilibrio tra i 3 parametri? e perché non introdurre anche una dose d’instabilità che permetta l’evoluzione? e a quale “rate”?
            No, di fronte al Suo commento delle 15.18 di ieri, dove per rincalzare le sciocche dichiarazioni di Riccardo sul Dna (superate solo per ignoranza e superstizione da quelle della Mautino sullo “schifo e mollezza della cellula”), Lei diceva: “Al posto di triplette di 4 elementi e un sacco di triplette sinonime, [perché la Natura non ha previsto] ad esempio doppiette di 5 elementi e solo 4 sinonimi?”, io Le ho controbattuto che invece quella Tavola di decrittazione, al Suo esame apparsa inutilmente ridondante, dagli information scientist che l’hanno studiata è stata invece trovata una composizione ottimale per prevenire errori di frame-shift e di noise nel canale di Shannon dell’informazione.
            Si studi qui (ma è un argomento che è trattato tutti i mesi in information science), per cominciare:
            D. Bradley, “Informatics. The genome chose its alphabet with care”, Science, 297, 2002.
            D.A. Mac Donaill, “Why nature chose A, C, G and U/T: an error-coding perspective of nucleotide alphabet composition, Orig Life Evol Biosph, 2003.
            Non Le manderò la parcella a casa se si prometterà d’intervenire solo sulle cose che ha studiato con attenzione, non su quelle su cui Si è limitato alle “occhiate”.

          • Massimo (neodarwinista) on

            @Giorgio Masiero
            Io stavo cercando di rispondere al posto di Riccardo alla domanda di Pennetta:
            “per quale motivo il codice genetico non sarebbe il migliore possibile? Lei come l’avrebbe fatto?”
            La mia prima proposta è stata quella di minore ridondanza, ma riconosco di aver fatto un errore perché una maggiore ridondanza può evitare mutazioni nelle proteine.
            La seconda proposta è stata allora di avere un codice con ancora maggiore ridondanza.
            Qui Wil mi ha detto che “la soluzione la da la matematica”.
            Invece vedo che siamo d’accordo che non si possa definire il nostro codice genetico il migliore possibile. Ed ecco la risposta alla domanda di Enzo Pennetta.

          • “Invece vedo che siamo d’accordo che non si possa definire il nostro codice genetico il migliore possibile”

            Ma non si può definire un codice migliore se non si stabilisce quali siano le caratteristiche da tenere presenti (resistenza alla degenerazione, rapporto quantità di basi/informazione, ottimizzazione con sostenze impiegate in altri percorsi biochimici, ecc…) e allora emerge il fatto che dire che non sia il migliore possibile non ha senso.

            Di fatto è di una efficacia impressionante e voler a tutti i costi trovarci dei difetti nasce solo da un desiderio ideologizzato di dimostrare che è un “accrocco”, come qualcuno ha definito quell’altra struttura incredibile che è il cervello umano.

          • Giorgio Masiero on

            … giusto, Enzo. E qualcun altro, esperto di superstizione, sempre motivato dagli stessi pregiudizi, ha detto che la cellula e’ uno “schifo, una roba molle buttata la’ “, mentre come ci ha mostrato Forastiere in un articolo sull’interattoma e’ una rete di complessita’ infinitamente superiore alla stessa internet…
            E’ veramente pazzesco cosa fa l’ideologia, come acceca la vista e nega l’evidenza. Sono basito dalla potenza distruttiva dell’ideologia sulle sue vittime.

          • Massimo (neodarwinista) on

            Io non cerco difetti, il nostro DNA è senza dubbio ideale alla vita sulla Terra proprio per le sue imperfezioni.
            Quando dico che non è il migliore possibile, intendo che non lo sarebbe se si escludesse la possibilità di mutazioni favorevoli. Se non è anche per merito di errori di trascrizione che la vita va avanti, allora davvero non c’è ragione di patire il cancro e le malformazioni. Individualmente, non è affatto il codice migliore.

          • Massimo,
            come si fa a dire che è ideale “proprio per le sue imperfezioni”?
            Se è ideale allora le presunte imperfezioni non sono più tali!

            Quando poi dice che poiché per via delle mutazioni negative che possono accadere (caso limite il cancro) non è il migliore possibile fa lo stesso errore di quelli che dicono che la colonna vertebrale è imperfetta solo perché loro hanno il mal di schiena, ma dimenticano che esistono atleti che col lor apparato muscolo scheletrico ci fanno tutte le specialità dell’atletica.

            Le rotture in sintesi non sono considerabili “difetti” di progettazione!

            Se lei infatti fa cadere in terra il suo smartphone provi a farselo cambiare in garanzia…

          • Massimo (neodarwinista) on

            “Se è ideale allora le presunte imperfezioni non sono più tali!”

            Esatto, le imperfezioni sembrano tali solo in un’ottica non evolutiva.
            Come diceva il grande biologo Theodosius Dobzhansky: “Nulla in biologia ha senso se non alla luce dell’evoluzione”

            Non è che si cerca a tutti i costi di trovare qualcosa di non ottimale, ma è che non si spiega proprio perché le varie strutture siano fatte in un certo modo se non dal punto di vista dell’evoluzione.

          • Non posso che riportare la risposta appena scritta dal prof. Masiero:
            http://www.enzopennetta.it/2013/06/la-vita-non-e-un-bricolage/#comment-15957

            Si potrebbe parimenti dire che non è vero che in biologia tutto ha senso solo alla luce dell’evoluzione, infatti come scritto nell’intervento linkato (ma lo sosteneva anche Schrodinger) è proprio la resistenza al cambiamento una delle caratteristiche del DNA.

            La frase di Dobzhansky vale solo se di dà per valida la SM ed è quindi una tautologia.

          • Massimo (neodarwinista) on

            “La frase di Dobzhansky vale solo se di dà per valida la SM ed è quindi una tautologia.”

            Questo assolutamente no. Faccio qualche esempio solo sull’uomo, domande che stanno in piedi senza l’esistenza della SM, ed anzi svaniscono solo con essa:
            – Perché è così facile soffrire di mal di schiena? Questo male ci accomuna un po’ tutti, non è vero che risparmia gli atleti. Il 15% dei giovani atleti ne soffre, per arrivare all’85% in età avanzata.
            – Perché molte persone devono farsi togliere i denti del giudizio?
            – A cosa serve il singhiozzo? E la pelle d’oca?
            – Perché il sapore di cibi grassi e dolci ci spinge a mangiare in modo poco sano?
            – Perché la trachea e l’esofago sono disposte verticalmente? in questo modo, quando l’epiglottide non si chiude del tutto, parte del bolo tenda a finire nelle vie respiratorie per effetto della gravità. Senza il vincolo dell’omologia strutturale, è molto facile pensare a una configurazione migliore.
            – Perché la presenza di organi vestigiali come il coccige?

            E soprattutto, visto che non mi è stata data risposta:
            – Perché devono esserci batteri simbionti in ogni cellula eucariote, al prezzo di gravi patologie quando la specie batterica non riconosce più la sua cellula?

            “è proprio la resistenza al cambiamento una delle caratteristiche del DNA”
            Sicuramente il DNA è fatto in modo da garantire una certa stabilità, altrimenti non potrebbe svolgere correttamente le funzioni biologiche durante la vita. Ma nel corso delle generazioni, si accumulano moltissime mutazioni, e di sicuro questo effetto si potrebbe minimizzare ancora di molti ordini di grandezza.

          • Massimo se deve scendere a certi livelli,forse sarebbe meglio prendersi una pausa,dsecondo me.
            Al di là dell’abbandonarsi sempre più a clichès vedo permanere costanti gli errori (che ormai dovrebbero essere superati)dettati da una non superata confusione,per esempio,sul concetto di evoluzione e da una foga di buttare là cose un po’ a casaccio…
            Per esempio:

            “Perché la presenza di organi vestigiali come il coccige?”

            “Perché molte persone devono farsi togliere i denti del giudizio?”

            Organi vestigiali?

            http://www.enzopennetta.it/2011/12/i-danni-dellapproccio-darwiniano/
            http://www.enzopennetta.it/2011/11/quando-avevamo-la-coda-e-altre-storie-darwiniane/
            http://evoluzione.tk/antidarwinismo/biologia/organi-vestigiali-una-funzione-per-tutto.php

            Faccia più attenzione.

            La frase di Dobzhansky è un’affermazione che dice che i fatti vadano visti solo in quell’ottica, che si possa procedere solo con quell’approccio ,altrimenti nulla ha senso,seguire altre strade non può portare a nulla etc..una vera forma di intolleranza e di ascientificità… eppure viene riportata a motto ancor oggi quando dovrebbe rappresentare una di tutte quelle frasi della serie “Le ultime parole famose..”.

            Se lei non arriva a comprendere perchè tale affermazione sia una tautologia non mi sorprende in verità,di fatto questo punto è una delle cose su cui cade in errore da quando è venuto qui a commentare.

            Eppure la differenza fra implicazione logica e sse dovrebbe conoscerla bene..

          • Massimo (neodarwinista) on

            Dubito di aver fatto errori logici, mi indichi più di preciso dove si sarebbe scambiata la freccia dell’implicazione e vedremo di chiarire perché.

            Intanto continuate a glissare su argomenti come quello dei mitocondri. Non è forse un esempio di arrangiamento non ottimale, fatto con i pezzi che si avevano a disposizione sul momento, per il quale la metafora del bricolage calza bene? Ce ne sono tanti altri.

            Qui non sto parlando di neodarwinismo o sintesi estesa o cose simili, qui si parla di evoluzione in generale. Non ho voluto continuare il dibattito sul neodarwinismo, semplicemente ha attirato la mia attenzione questo titolo: “La vita non è un bricolage”.
            Qui non si negano i meccanismi, che sono in parte presunti, ma lo stesso risultato finale, che è sotto gli occhi di tutti.

            Oltretutto si parla tanto dell’ideologia che starebbe dietro la supposta ricerca dei difetti negli organismi, quando è palesemente più ideologica la posizione per cui gli esseri viventi sono macchine perfette. Quando da giovane mi apprestai allo studio della biologia, anche io avevo questa visione.

          • “evoluzione in generale”?
            definisca cosa intende con evoluzione..

            Mitocondri?Cosa c’è da glissare con i mitocondri?
            Al di là di ipotesi legate al modello neodarwinista dell’origine dei mitocondri tramite endosimbiosi,bricolage per integrazione cellulare etc..si basa,brutalmente,sul fatto che i mitocondri hanno un proprio DNA, RNA e ribosomi,dal fatto che le amebe non hanno mitocondri e che quindi ha rapporti simbiotici con batteri aerobici. Filiazione diretta o endosimbiosi o mix vari counque queste conclusioni vengono dando per scontato l’abero filogenetico darwinista ,il paradigma ed adattando spiegazioni in quell’ottica..pura implicazione.
            Non sono considerazioni derivate da fatti.
            La visione endosimbiotica va incontro ad alcune impassi e non ha supporto nell’analisi temporale.
            Inoltre, le cellule eucariote si presume siano sorte da archeobatteri, e,i mitocondri si pensa fossero venuti da eubatteri, ma non ci sono eubatteri attualmente vivente che danno un riscontro con i mitocondri.Ci sono poi geni eubatteri nel genoma degli eucarioti, e il problema a farli derivare dai mitocondri sta nel fatto che i l numero di geni è troppo alto. Alcuni scienziati hanno ipotizzato un che è diventato parte delle cellule un misterioso eubattero simbiotico che prima del mitocondrio ha ‘fatto’ e ha fornito i geni in più, ma non ci sono oggi eubatteri che hanno la necessaria combinazione di geni.
            Come ha già visto(lei si che glissa e lo fa fin da quando ha iniziato a commentare qui)per gli organi vestigiali e con la degenerazione si possono presumere,e ve ne sono continue riprove,che funzioni siano ignorate o andate danneggiate o perdute a seconda di cosa si sta parlando.Tutto questo si può documentare ed osservare.

            Bricolage e compagnia bella rimangono invece storielle e cose che arrivano dando per buono il paradigma,vizati da una tautologia.

            Come vede il discorso dell’implicazione,che si capisce riferito alla frase di T.Dob.,si estende ad altro dando per vere determinate cose si può arrivare a delle conclusioni,ma esse sarebbero vere,se lo sono,anche qualora il paradigma postulato fosse falso.Cose che banalmente non contraddicono servono a poco o nulla..

            Non parliamo di perfezione,che poi andrebbe anche definita opportunamente(e fra l’altro lei ha ben mostrato di inciampare un po’ anche sul discorso dell’ottimizzazione).
            Però come si può evincere, si può constatare,sempre riguardo a quella degenerazione, osservabile,fatto e,fra le cose su cui glissa
            http://www.enzopennetta.it/2013/04/chi-erano-veramente-i-neanderthal/
            http://www.enzopennetta.it/2013/04/chi-erano-veramente-i-neanderthal/
            http://www.enzopennetta.it/2013/05/flores-darcais-vito-mancuso-e-le-false-certezze/

            L”archetipo’,il pool genetico della popolazione d’origine è più ricco.La differenziazione per perdita d’informazione genetica, qualcosa che non ha niente a che vedere con i meccanismi che sono all’origine dell’evoluzione, infatti come chiunque può comprendere eliminando informazioni non si giunge all’evoluzione (a meno di non ammettere l’improbabile e bizzarra ipotesi che la prima cellula contenesse tutte le informazioni di tutti i viventi che hanno popolato la terra!).

            Benchè con l’evolvibilità di propone che dalla degenerazione grazie alla diminuzione della robustezza potrebbe avvenie più facilmente quella formazione di nuova informazione per aumentare la complessità e portare a nuova robustezza…sempre storie comunque..

            Ibridazioni, speciazioni, formazione di chimere, mutazioni intra-specie (robertsonian fusion, tandem fusion etc..), trasposizioni, adattamenti all’ambiente propri di certe specie (metaprogrammazione, borrowed information), endogenizzazione, simbiosi,endosimbiosi ,processi Innovazione – Amplificazione – Divergenza, processi Potenziamento – Attualizzazione – Perfezionamento e molti altri…muovono tutti in verso contrario alla presunta evoluzione neodarwiniana e favoriscono degenerazione della popolazione d’origine,che pur sotto determinati fattori viene a svilupparsi in popolazoni più specializzate ma più esposte ,dallo scotto conseguenza di quella specializzazione.

            Se quei processi servissero un bricolage sarebbe il tirar fuori qualcosa magari di utile ,arrangiato e più semplice da qualcosa di assai più complesso e variegato e di certo un design.

          • Da come la mette Massimo sembra che il corpo umano dia un sacco di problemi anche quando non si sia in presenza di patologie.
            Mi spiace che lei abbia un’esperienza così negativa, molte persone sono di tutt’altro avviso e non hanno alcun problema né con l’esofago, né coi denti del giudizio o con la schiena ecc…
            (ma come lo metterebbe l’esofago, orizzontalmente?)
            Se continuiamo a confondere il funzionamento ottimale con lo stato patologico non se ne viene fuori.

            Cosa c’è che non va poi nei mitocondri? Le danno fastidio i suoi? A me consentono una resa energetica di gran lunga superiore a quella della fermentazione lattica e ne sono molto soddisfatto.

            Continuo a sostenere che la ricerca di “difetti di progettazione” negli organismi non malati sia il frutto di un pregiudizio ideologico.
            Come quello di chi chiama “accrocco” il cervello umano.

        • Massimo (neodarwinista) on

          @Leonetto
          Questo dimostra che in realtà non sapevo nulla dei mitocondri, e che effettivamente può succedere di scambiare le storie con i fatti.
          Non sono ancora convinto che l’attuale teoria dell’evoluzione sia frutto di una visione ideologica e superficiale, sia qualcosa che non spiega realmente ciò che pretende di spiegare, in cambio mi sto convincendo di non poter colmare con poca documentazione il divario tra la mia e la Sua magistrale formazione in biologia ed evoluzione.
          Ma mi chiedo, Leonetto, chi si cela dietro lo pseudonimo?

          • “[…]to convincendo di non poter colmare con poca documentazione il divario tra la mia e la Sua magistrale formazione in biologia ed evoluzione.”

            Se c’è del sarcasmo non l’ho colto.
            Comunque, mi eviti ‘la maiuscola’,anzi ,se crede, mi dia tranquillamente del tu…

          • Massimo (neodarwinista) on

            Non tanto per formalizzarsi, ma per esprimere rispetto verso la tua accuratezza. Non sono affatto convinto della validità di alcune conclusioni tratte su CS, ma devo riconoscere che sono ben argomentate. Quelle sulla parte tecnica della biologia, soprattutto da te. Sto smettendo di credere di poter argomentare alla pari, tutto sommato ho ripreso in mano l’evoluzione solo recentemente, sono ancora troppo ignorante.
            Comunque non è dato a sapere chi sei?

  5. Bohm: “Tutto ciò che ha la parvenza del caso, nasconde un ordine nascosto di livello indefinitamente più alto”.

    • Giorgio Masiero on

      Molto interessante, rocco, questa citazione di Bohm. Che non è apodittica (come la serie di slogan nel filmino di Riccardo), ma è stata da Bohm dimostrata in riferimento alla MQ e al cosiddetto problema delle variabili nascoste. Varrà la pena di ritornarci. Grazie.

      • non la conoscevo come non conoscevo bohm(non ho un background scientifico approfondito , e grazie a voi mi faccio una cultura!) ma poi mentre davo uno sguardo ad un sito che trovo interessante di un docente universitario di roma, credo, il sito si chiama mi-chael.blogspot.com/‎, mi imbatto in questa citazione, nata da uno discussione si puo’ dire simile, che, guarda alle volte il “caso” mi sembrava facesse al “caso” nostro e quindi ho pensato che fosse proprio il “caso” di postarvela! 🙂

        • tra l’altro , mentre la postavo , pensavo proprio che potesse sembrare apodittica! avevo cercato un po’ sul web e mi sono reso conto che non avevo gli strumenti per capire fino in fondo una simile affermazione….ma mi era sembrata veramente azzeccata e l’ho , come si dice buttata la!

          ora aspetto anche io l’articolo!

          • quello che volevo dire , e poi non rompo piu’!, ma non vorrei venire frainteso, e’ che non avendo le basi scientifiche per capire bene dal punto di vista scientifico la frase riportata, essa mi ha colpito dal punto di vista della sua ragionevolezza , come dire , filosofica… che pero’ qui , giustamente , non poteva trovare spazio. nel senso che l’uomo , per quanto avanzate possano essere le sue conoscenze tecniche, guarda la realta’ come uno spione dal buco della serratura. ela frase descrive scientificamente, in maniera esemplare, questo pensiero. purtroppo i miei commenti non saranno mai scientifici, ma so che ponendo certe questioni a persone come Masiero , Enzo , o Leonetto riceverei risposte appropriate, poiche’ penso che la retta scienza e la retta filosofia , non possono cadere in contraddizione.

  6. Giorgio Masiero on

    @ Massimo
    Adesso la buttiamo in filosofia, Massimo, con l’eterno problema del male. Perché in scienza invece (e Lei Si sarebbe risparmiato questo commento, se invece con un’occhiata avesse letto con attenzione il mio articolo) c’è il secondo Principio della Termodinamica, che vieta ciò che Lei immagina ingenuamente.
    A prescindere dalle ridondanze, tutti i sistemi cibernetici avanzano inesorabilmente verso il nonsenso, la disfunzione e il fallimento. La fatale causa del deterioramento graduale del loro funzionamento sta nel secondo Principio della termodinamica, che dà la freccia del tempo a tutti i moti di Natura: in complesso, dall’ordine al disordine. Così, ogni forma di energia degrada in calore inutilizzabile.
    Nei sistemi industriali a controllo numerico, il tempo e l’uso logorano, oltre ai robot, i supporti fisici dove sono salvate le informazioni. Quando i simboli istanziati, i commutatori ai nodi di controllo e i circuiti elettronici si deteriorano, le istruzioni formali istanziate perdono affidabilità semantica. In una striscia di trilioni di 0 e 1, basta lo scambio d’un simbolo ad arrestare la robotica. La termodinamica evidentemente non ha effetto sui formalismi astratti progettuali, ma soltanto sui materiali della loro istanziazione; tuttavia è proprio questa entropia a causare il declino delle funzioni cibernetiche degli impianti reali, che solo dall’intervento intenzionale di un agente formale (cioè: un operatore umano) possono essere ripristinate.
    A differenza dell’industria però, il codice genetico degli organismi viventi istanziato nei due acidi nucleici non ha agenti intenzionali costantemente all’opera per riparare ogni mutazione casuale, di per sé negativamente efficace solo a deteriorare i metabolismi. Ecco allora, inaspettata, la ridondanza nella corrispondenza non biunivoca tra triplette e aminoacidi a sopperire, rafforzando il codice con un’ottimizzazione algoritmica! All’analisi informatica, la tabella delle corrispondenze è risultata un sistema di codificazione a ridondanza apparentemente pianificata a rallentare l’inquinamento genetico che l’ambiente altrimenti produrrebbe, minimizzando gli errori di traslazione nell’mRNA tra i codoni e l’inserimento degli aminoacidi durante la sintesi proteica.
    Ma, attenzione! L’inquinamento è rallentato dalla ridondanza, non è azzerato: l’entropia condanna comunque la vita individuale alla morte, con buona pace delle utopie transumanistiche, nonché le specie ad una lenta involuzione; così come, comunque, consente nelle ere l’insorgenza saltuaria di quelle modifiche elementari, adattative all’ambiente ex post per selezione naturale, che sono le evoluzioni intraspecifiche.
    Non è già un prodigio che un tale programma duri (seppure con le imperfezioni e le malattie da Lei ricordate) per centinaia di milioni di anni? Conosce qualcosa di analogo (anche lontanamente) nella nostra informatica?!

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